目前，我國的建筑市場尚不發達，施工企業普遍缺乏對建筑工程施工合同管理的正確認識。很多承包商簽訂了工程合同，片面強調工程的進度和質量管理，對合同管理缺乏全面的認識，往往因為合同意識淡薄、合同條款不明確或不完備等問題引發糾紛，導致在施工過程中處于被動的局面，甚至產生嚴重違約，同時索賠又無據可依，承受了經濟損失。
不重視合同管理體系和制度建設
一些建設項目不重視合同管理體系的建設。合同歸口管理、分級管理和授權管理機制不健全，誰都可以簽合同，合同管理程序不明確，或有制度不執行，該履行的手續不履行，缺少審查和評估步驟。缺乏對合同管理的有效監督和控制。
少數合同有失公正
合同文件存在合同雙方權利、義務不對等現象。從目前實施的建設施工合同文本看，施工合同中絕大多數條款是對發包方制定的，其中大多強調了承包方的義務，對業主的制約條款偏少，特別是對業主違約、賠償等方面的約定不具體，也缺少行之有效的處罰辦法。這不利于施工合同的公平、公正履行，成為施工合同執行過程中發生爭議較多的一個原因。同時，由于目前建筑市場的激烈競爭和不規范管理，大量的施工隊伍與建設規模嚴重失衡，致使業主在建設工程承包中占據主導地位，提出一些苛刻和不平等的條件，將自身的風險轉移到承包商身上。由于建筑市場處于買方市場，承包商為了獲得工程，只好接受。
“陰陽合同”引起的糾紛
在建設工程招投標中，有的業主出于自身利益的考慮，在工程招標前，提出一些苛刻的條件和不平等條約，要求投標單位私下進行承諾，簽訂與中標合同的工程價款等主要內容不一致的合同，承包方為了獲得項目，只好忍氣吞聲、委曲求全。但多數情況下，雙方在履約過程中意見分歧較大，造成合同糾紛，直接影響合同的履行。
合同價款引起的糾紛
合同簽訂過于簡單，許多涉及補價的項目由于合同不明確，工程竣工結算時無法補價：一些合同雖然條款比較齊全，但內容只作原則性約定，不夠具體和明確，特別是缺乏對違約責任的具體約定，或對違約責任約定過于簡單而產生合同糾紛，造成施工企業不能及時得到補償。違約責任的約定直接反映出該合同的質量如何，也直接決定了該合同能否順利執行。
合同糾紛產生的原因，一方面是當前的建筑市場仍不夠規范，相關法律法規仍不健全，市場交易中業主與施工企業的地位不平等，部分工程承包存在違法或違規的行為，另一方面是對合同簽訂的實際條件沒有遠瞻性，沒有在合同中明確實際條件如果發生變化的解決方案。但更重要的是，施工企業的法制觀念淡薄，合同法律意識不強，基本上沒有事前把合同管理納入經營管理范疇，沒有對索賠管理工作給予應有的重視，等到發生合同糾紛的時候，才臨時研究合同有關條款，設計補救方案。因此，加強建設工程施工合同的管理是施工企業在市場競爭中生存發展的必修課。
健全管理機構體制
加強工程招投標管理，建立與工程量清單相配套的工程管理制度、合同管理制度。已經出臺了招投標法，并全力推行工程量清單報價體制。但在招標形式和方法上要兼顧業主和承包商的雙方利益，過份追求招標過程的嚴格、完善，并不能達到招標的效果。建議在招標形式上應該重視原則，突出效果。同時，在工程量清單計價法推廣實施后，沒有新的計價辦法配合相應的合同管理模式，使得招投標所確定的工程合同價在實施過程沒有相應的合同管理措施。建議盡快研究相應配套措施和管理辦法，健全體制，完善操作。
提高管理人才的素質
專業人才缺乏也是影響建設項目合同管理效果的一個重要因素。建設合同涉及內容多，專業面廣，合同管理人員需要有一定的專業技術知識、法律知識和造價管理知識。在很多建設項目管理機構中，沒有專業技術人員管理合同，或合同管理人員缺少培訓，將合同管理簡單地視為一種事務（下轉第22頁）（上接第126頁）性工作。甚至有的合同領導直接敲定由一般辦公人員辦理合同。一旦發生合同糾紛，缺少法律支援。
注重合同細節管理
施工合同糾紛多數情況下源于價款結算方式的糾紛，如工程款如何撥付，設計變更單價如何審定，停工窩工造成的損失如何計算、材料價格異常變動的處理辦法等。這需要甲乙雙方有遠瞻性，盡量在合同中把此類問題的解決方案具體化，盡量避免給結算方式留下盲點。當施工過程中發生設計變更或停工窩工，施工合同中又無明確表達時，應及時簽訂補充協議，避免日后發生糾紛。如筆者所在地的某道路工程，招標時要求采用商品混凝土，為趕工期，經施工企業與業主商量決定將商品混凝土改成現澆混凝土，但未辦理任何相關的協議變更手續。因此，工程竣工結算時引起了價格糾紛。如果事前甲乙雙方能達成一致意見，以補充協議的形式予以明確，可避免后期的糾紛，取得事半功倍的效果。
健全法律體系
加強承發包雙方對合同的法律認識。通過深入貫徹《中華人民共和國建筑招標投標法》，通過不斷的宣傳、學習培訓，使合同的承發包雙方切實認識到法律是保障施工合同順利實施，保護雙方合法權益的工具，是走向市場經濟中科學管理的坦途和橋梁。
加強施工合同索賠管理工作
我國工程承包雙方在合同履行中對工程索賠認識不足，缺乏推行工程索賠所需的意識和動力。因此，提高索賠意識是承包商亟待解決的問題。施工合同是索賠的依據，索賠則是合同管理的延續。合同管理索賠要求承包商在簽訂合同時要充分考慮各種不利因素，分析合同變更和索賠的可能性，采取有效的合同管理策略和索賠策略；在合同整個履行過程中，要隨時結合施工現場實際情況，結合法律法規進行分析研究，以合理履行合同，這不僅有利于保護自己的合法權益。更重要的是有利于企業盡快適應國際工程建設規范，提高企業未來生存能力。
當前，我國建筑市場走向招標承包競爭機制的時間還不長，無論是甲方還是乙方，對合同的編制和管理經驗均不夠豐富，再加上國內相關法律法規還不夠健全，因此，更應加強合同索賠管理。利用一切合理的理由進行索賠而得到經濟補償，也是較高管理水平方面的體現。